十九世紀英國租用紅毛城作為英國領事館,為了巡視及洽公上的便利,英國領事館於海關碼頭旁,以唭哩岸石打造一座船屋,停放當年英國領事的船;如今為了重現英國領事管理時期周邊空間的歷史意象,博物館就地原貌重建,完成現在大家看到的船屋。
十九世紀中葉,大英帝國挾武力將商業版圖擴及臺灣,並設領事館於紅毛城,英國商人掌控淡水港之經貿與航運。於是英國領事館在現在「新船屋」 處用唭哩岸石砌了船屋,並配有四名會操舟划槳的工人。當英國領事要出去巡港時,就推舟入海,然後出港視察,這是過去淡水港內之獨特景觀。二次大戰後,淡水 封港,航運沒落,加上在1972年領事館撤館,船屋就此逐年荒廢。此後,因考量周圍道路景觀與設置停車場,就將傾頹已久的船屋拆除了。